Средствата по програмата са насочени в следните приоритетни области:

Приоритетна ос 1 „Води“

- Изграждане на ВиК инфраструктура;

- Доизграждане и/или оптимизиране на мрежите за мониторинг на количеството на повърхностните и подземните води и тяхното химично състояние;

- Дейности, насочени към разработване на нови и/или актуализация на съществуващи стратегически документи.

Приоритетна ос 2 „Отпадъци“

- Мерки съгласно йерархията за управлението на битовите отпадъци;

- Дейности, свързани с изпълнение на демонстрационни/пилотни проекти с цел добри практики и управленски подходи в областта на управлението на отпадъците.

Приоритетна ос 3 „НАТУРА 2000 и биоразнообразие“

- Мерки и дейности съгласно Националната приоритетна рамка за действие за мрежата Натура 2000.

Приоритетна ос 4 „Превенция и управление на риска от наводнения“

- Създаване на Национален център за управление на водите в реално време;

- Изграждане, укрепване и/или рехабилитация на защитни съоръжения в населените места в района на р. Дунав;

- Изпълнение на проучвания и оценки във връзка с втори Планове за управление на риска от наводения  за периода 2022-2027г.

Приоритетна ос 5 „Подобряване качеството на атмосферния въздух“

- Мерки за подобряване качеството на атмосферния въздух  чрез замяна на изпускателните устройства на превозните средства на градския транспорт;

- Демонстрационни/пилотни проекти за подобряване качеството на атмосферния въздух.